In den letzten Monaten erfolgten umfangreiche Um- und Einbauten, die Bereiche Algen, Pilze, Flechten und die Sammlung altägyptischer Pflanzen wurden völlig neu gestaltet. Alle übrigen Bereiche, wie die großen Gruppen des Pflanzenreiches und die Nutzpflanzen wurden überarbeitet, um dem erheblichen Wissensgewinn der letzten Jahrzehnte Rechnung zu tragen.
Um die Besucher im Sinne der gedanklichen Abwicklung durch das Museum zu leiten und die Inhalte der einzelnen Abteilungen, die roten Fäden sowie die Übergänge zwischen den einzelnen Bereichen transparenter zu machen, wurde ein mehrfarbiger Fußbodenbelag aus Linoleum (Belag aus nachwachsenden Naturstoffen) eingesetzt. So wird der Bereich Pilze, Lebewesen, die keine Photosynthese betreiben, durch einen dunkelbraunen Boden gekennzeichnet. Die Algen, die viel Licht benötigen und wichtige Sauerstoffproduzenten sind, werden durch ein helles Blau gekennzeichnet, mit den höheren Pflanzen bewegen wir uns im grünen Bereich und die Nutzpflanzen haben ein warmes Gelb bekommen.
Die Museumsinhalte werden nun auch dem Besucher durch stärkere Betonung von Interaktivität, sinnlicher Erfahrung, Multimedia und Inszenierungen erschlossen. Sogenannte Nutztürme in den Bereichen Pilze und Algen laden zum Öffnen von Schubfächern und Klappen ein, machen neugierig auf Inhalte wie z. B. essbare Rotalgen, Pilzsuche in Küche, Apotheke oder Garten.
Diese umfangreiche Renovierung wurde mit Hilfe von Drittmitteln des Fördererkreises der naturwissenschaftlichen Museen Berlins e.V. aus dem Nachlass von Frau Prof. Dr. Eva Potztal, der ehemaligen Direktorin des Botanischen Museums, ermöglicht.